西暦2203年銀河系中心部の宇宙で大きな異変が生じた異次元断層から別の銀河が現れ核恒星系付近で銀河系同士の衝突が起こり多くの星々が消滅した古代進は宇宙戦艦ヤマトの艦長として地球防衛軍の命を受け調査に向かったかつての盟友デスラー率いるガルマン・ガミラス帝国は壊滅的な被害を受けていた                                   そんな中その異次元断層から恒星間空間を回遊する水惑星「アクエリアス」が現れディンギル星を水没させるヤマトはディンギル星から一人の少年を救った後地球に向かうがディンギル帝国の艦隊の攻撃にあい航行不能となるしかし落下中の衝撃で自動操縦システムが働きヤマトは負傷した乗組員を乗せたまま地球へ向かう                                   地球は帰還したヤマトの情報から水惑星の存在を確認接近してくる水惑星を避けるために各惑星やスペースコロニーへの避難を開始したがディンギル艦隊の巧みな戦術とハイパー放射ミサイルの攻撃の前に避難船団や地球艦隊は全滅していき地球は封鎖されていくディンギルの長ルガール神官大総統は新たな移住先として地球を目指していたそして地球に移住するためにディンギル人の取った方法とは自らの星を水没させた水惑星「アクエリアス」を人工的にワープさせることで同じく地球を水没させて地球人類を絶滅させた後に移住するというもの                                   帰還したヤマトから奇跡的に救出された古代進は恋人森雪の懸命の看護で一命を取り留めたが自分の判断ミスにより多くの乗組員の命を犠牲にしたと艦長を辞任するその頃ルガール2世率いる艦隊は地球艦隊を撃滅し一歩一歩地球に向かっていたこれに対抗するのはもはやヤマトしかなかった古代もヤマトに乗り込もうとするが自身が艦長を辞任したことで躊躇するしかしヤマトの第一艦橋で聞いた初代艦長沖田十三の声にヤマトに乗り組む決意をする                                   ヤマトの船出の日地球防衛軍長官より驚愕の発表がされたヤマトの艦長が沖田十三であることを沖田はイスカンダルへの航海の途中ヤマトの艦医佐渡酒造の診断で死亡とされたが脳死には至っておらずヤマトのために戻ってきたよみがえった沖田のもと全地球の祈りを受けヤマトは発進した