明治十年剑心弥彦阿薰左之助一行乘火车来至横滨甫至此地便因与几个骚扰年轻女子的外国士兵发生争端且因此结识了正直的武士时雨泷魁他们很快成为好朋友 时政治格局仍动荡不安诸多反抗明治的志士不断向政府机关以及外国大使馆发动袭击而时雨正是所谓新维新运动的领导者明治以前他曾是佐幕派彰义队的领袖之一其好友鬼斩高槻严达即死在拔刀斋剑心的刀下而被他们所搭救的女孩朱鹭正是严达的女儿 造物弄人让这些恩怨纠缠的人以如此方式重逢得知一切的剑心决定不顾一切阻止好友袭击政府的行动而另一方面野心家田母野打算借镇压叛乱分子的良机图谋不轨……
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