2125年为了寻找新的能源人口爆炸到一百来亿了太阳系开发机构决定推进木星太阳化计划定于2140年实现这一计划驻扎在前线基地米涅瓦的计划主任本田英二三浦友和就在这时候与失去联系多年的恋人马利亚重逢了但是他不知道的是玛丽亚是旨在破坏这一计划的极端环保组织木星教团的破坏小组组长 在宇宙语言学家威廉姆的帮助下英二乘坐木星探查艇JADE－III探访了数万年前来访的宇宙人的飞船木星之魂 另一方面英二的朋友PILOTKING和天文学家井上乘坐的宇宙船遇难调查的结果是遭遇黑洞所致太阳系面临被黑洞吞噬的危机 解决危机的方法只有一个通过引爆木星来改变黑洞的轨道剧组在这个问题上花了很大的精力甚至动用了计算机做考证和计算工作英二与基地内人员一起为挽救太阳系而努力的时候玛利亚带人杀进了基地
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